SerbiaSamostalnu trenersku karijeru je započeo u ekipama Famosa iz Hrasnice i Igmana sa Ilidže. U sezoni 1991/92. bio je trener sarajevskog Željezničara, ali početkom rata u BiH napušta klub i seli se u Srbiju.
U sezoni 1992/93. bio je trener Kikinde, a u sezoni 1993/94. vodio je beogradski Partizan sa kojim je osvojio Kup i plasirao se u finale plej-ofa. U sezoni 1994/95. sa Borovicom iz Rume se plasirao u finale plej-ofa. Godine 1996. preuzeo je solunski PAOK sa kojim se plasirao u finale Kupa Saporte.
Od 1998. do 2005. trenirao je ekipu Hemofarma, sa kojom se 2001. plasirao u finale poslednjeg Kupa Radivoja Koraća, u kom je Hemofarm izgubio od Malage. U sezoni 2001/02. sa Hemofarmom se plasirao na finalni turnir FIBA Kupa, a u sezoni 2004/05. sa Hemofarmom je osvojio Jadransku ligu i plasirao se u polufinala ULEB kupa.
Potom je sa Igokeom osvojio kup BiH, sa bugarskim Lukojl akademikom bugarsko prvenstvo i kup, a zatim je bio trener ruskog tima Univerzitet Jugra Surgut.
Od januara 2010. do januara 2012. ponovo je bio prvi trener Hemofarma, a mesec dana nakon odlaska postavljen je za prvog trenera ukrajinske Politehnike koju je vodio do decembra 2013.
U novembru 2014. ponovo je postavljen za trenera Igokee. Sa njima je u sezoni 2014/15. osvojio prvenstvo i kup BiH. U decembru 2015. nakon nekoliko slabih rezultata smenjen je sa mesta trenera Igokee.
U decembru 2017. Lukajić je preuzeo MZT iz Skoplja. Vodio ih je do aprila 2018. kada je iz ličnih razloga odlučio da raskine ugovor. Lukajić je sa MZT-om osvojio kup Makedonije, a u prvenstvu je ostvario 11 pobeda i tri poraza. U regionalnoj ABA ligi nije bio uspešan pa je sa skorom 1-11 i završio na poslednjem mestu.